Dans MySQL 5.1 GA, quelques bogues de la précédente version (2005) subsisteraient. Michael « Monty » Widenius, le cofondateur du système Open Source de gestion de base de données (SGBD), en a récemment fait la liste sur son blog. Il conseille d'ailleurs aux utilisateurs d'attendre la sortie de quelques patchs mineurs.

Selon lui, cette nouvelle version apporte des correctifs significatifs à la version 5.0, sortie en 2005. Il serait même probablement sans risque de la tester sans faire usage des nouvelles fonctionnalités. En revanche, il conseille aux utilisateurs de ne pas la mettre en route avant d'en avoir fait un test complet, « de préférence en la faisant tourner sur des cobayes pendant plusieurs semaines ».

Pour Michael Widenius, « il reste tout de même de nombreux bogues fatals, connus ou inconnus dans cette version (...) bien qu'il soit préférable d'utiliser celle-ci plutôt que la version communautaire de la 5.0, qui n'a pas été mise à jour depuis un certain temps ».

Il explique cette mésaventure, non pas par une défaillance des développeurs, mais plutôt par diverses défaillances organisationnelles. Michael Widenius évoque, entre autres, une certaine précipitation de l'équipe managériale de MySQL, et en particulier de Mårten Mickos, l'ancien PDG de MySQL AB, désormais vice-président du groupe base de données chez Sun Microsystems, nouveau propriétaire de la firme. Les objectifs à atteindre se feraient-ils au détriment de la qualité du service? Michael Widenius s'en défend, mais précise que Sun aurait du accélérer l'amélioration organisationnelle des équipes de développement avant que de tels problèmes ne surviennent.